Habitat malarije so tropski in subtropski predeli sveta, zlasti podsaharska Afrika, južna in jugovzhodna Azija, Bližnji vzhod ter Srednja in Južna Amerika. Na prisotnost malarije močno vplivajo podnebni dejavniki, kot so temperatura, padavine in vlaga, ki vplivajo na preživetje in razvoj komarjev Anopheles, ki prenašajo parazite malarije. Malarija običajno uspeva na območjih, kjer je stoječa ali počasna voda, ugodna mesta za razmnoževanje teh komarjev, kot so močvirja, močvirja, riževa polja in mlake. Geografsko porazdelitev malarije oblikujejo tudi infrastruktura zdravstvenega varstva, socialno-ekonomski pogoji in razširjenost odpornosti komarjev na insekticide.