ABPA običajno sledi kroničnemu, ponavljajočemu se poteku z izmenjujočimi se obdobji poslabšanj in remisij. Prognoza za bolnike z ABPA je na splošno ugodna. Večina bolnikov se dobro odzove na zdravljenje s sistemskimi kortikosteroidi in lahko doseže dolgotrajno remisijo. Vendar pa lahko nekateri bolniki doživijo ponavljajoča se poslabšanja ali razvijejo kronično okvaro pljuč, kar sčasoma vodi do zmanjšanja pljučne funkcije. V redkih primerih lahko ABPA napreduje v končno pljučno bolezen in respiratorno odpoved, kar zahteva presaditev pljuč.