Zelo malo je verjetno, da bi se v bolnišničnem okolju okužili s klamidijo. Klamidija se običajno prenaša z nezaščitenim spolnim stikom ali z okužene matere na otroka med porodom. Bolnišnice imajo stroge ukrepe za nadzor okužb in protokole za preprečevanje širjenja okužb, vključno s klamidijo. Ti ukrepi vključujejo uporabo sterilne opreme, higieno rok in ustrezne zaščitne ukrepe (kot so kondomi in osebna zaščitna oprema) pri ravnanju s potencialno nalezljivimi materiali. Testiranje in zdravljenje klamidije je mogoče enostavno opraviti tudi v bolnišničnih okoljih ali ambulantah, da se učinkovito preprečijo in obravnavajo vsi sumljivi primeri.