Hemangiomi se lahko pojavijo v notranjih organih, vendar so veliko manj pogosti kot kožni hemangiomi. Vključujejo lahko jetra, vranico, pljuča, možgane in druge organe. Notranji hemangiomi lahko povzročijo resne klinične manifestacije, odvisno od njihove lokacije in velikosti. Lahko povzročijo funkcionalno okvaro, krvavitev, trombozo, stiskanje sosednjih struktur in druge simptome, odvisno od lokacije in velikosti lezije.