Kako sta hicv in povezana?

Te tehnike merijo pogostost fizičnih interakcij med različnimi regijami genoma, kar zagotavlja vpogled v strukturo kromatina višjega reda in regulatorne interakcije na dolge razdalje. Tukaj je nekaj pogosto uporabljenih Hi-C in sorodnih tehnik:

1. Hi-C (zajem konformacije kromatina z visoko zmogljivostjo):

To je izvirna in najbolj razširjena tehnika Hi-C. Vključuje zamreženje medsebojno delujočih segmentov kromatina, fragmentacijo DNK in nato ligacijo fragmentov DNK skupaj. Ligirani fragmenti se nato sekvencirajo in dobljeni podatki se uporabijo za ustvarjanje interakcijskega zemljevida celotnega genoma.

2. 5C (Circular chromosome conformation capture):

Ta tehnika je podobna Hi-C, vendar uporablja drugačno metodo priprave knjižnice, ki ima za posledico krožne fragmente DNK. Kroženje omogoča učinkovitejše zajemanje interakcij na dolge razdalje in lahko zagotovi podatke višje ločljivosti v določenih regijah genoma.

3. ChIA-PET (analiza medsebojnega delovanja kromatina s sekvenciranjem oznake na parnem koncu):

Ta tehnika združuje imunoprecipitacijo kromatina (ChIP) s Hi-C za identifikacijo interakcij na dolge razdalje, povezanih s specifičnimi proteini ali modifikacijami histona. Uporablja se lahko za preslikavo interakcij specifičnih transkripcijskih faktorjev ali drugih regulatornih proteinov z njihovimi ciljnimi geni.

4. PLAC-seq (sekvenciranje kromatina s pomočjo bližinske ligacije):

Ta tehnika uporablja bližinsko ligacijo za zajemanje medsebojno delujočih fragmentov DNK pred sekvenciranjem. Omogoča zaznavanje interakcij pri višji ločljivosti v primerjavi s tradicionalnimi metodami Hi-C in lahko zagotovi informacije o usmerjenosti medsebojno delujočih zaporedij.

5. Zajemite Hi-C:

Ta tehnika uporablja biotinilirane RNA sonde za obogatitev interakcij med specifičnimi genomskimi regijami, ki nas zanimajo. Z oblikovanjem sond, ki ciljajo na specifične lokuse, Capture Hi-C omogoča ciljno analizo genomskih interakcij na način, specifičen za regijo.

Vsaka od teh tehnik zagotavlja dragocene informacije o tridimenzionalni organizaciji genoma in je prispevala k našemu razumevanju regulacije genov, dinamike kromatina in jedrske arhitekture. Izbira tehnike je pogosto odvisna od specifičnega raziskovalnega vprašanja ter želene ravni ločljivosti in preslikave.