Vseh bolezni ne povzročajo mikroorganizmi. Nekaterih bolezni, kot so genetske motnje, avtoimunske bolezni in poškodbe, ne povzročajo mikroorganizmi. Čeprav so mikroorganizmi vzrok številnih bolezni, ki vplivajo na zdravje ljudi. Bakterije, virusi, glive in paraziti lahko povzročijo bolezni pri ljudeh.