Bolezni, ki so opustošile ostanke inkovskega cesarstva po stiku s španskimi konkvistadorji v 16. stoletju, so črne koze, ošpice, gripa, tifus in rumena mrzlica. Te bolezni so bile za domorodno prebivalstvo uničujoče, ker prej skoraj niso bili izpostavljeni tem boleznim in zato niso imeli naravne imunosti.