Uporaba metamfetamina je bila povezana s povečanim tveganjem za razvoj Crohnove bolezni, vrste vnetne črevesne bolezni. Vendar je pomembno opozoriti, da uživanje metamfetamina ni edini vzrok za Crohnovo bolezen, pri njenem razvoju pa igrajo vlogo tudi drugi dejavniki, kot so genetika, okoljski dejavniki in disfunkcija imunskega sistema. Raziskave o razmerju med uživanjem metamfetamina in Crohnovo boleznijo še vedno potekajo in potrebne so nadaljnje študije za določitev natančnih mehanizmov in vzročnih povezav.