Malarijo povzroča protist. Natančneje, povzroča ga protozojski parazit iz rodu Plasmodium. Obstaja pet vrst plazmodijev, ki lahko povzročijo malarijo pri ljudeh:P. falciparum, P. vivax, P. ovale, P. malariae in P. knowlesi. Najpogostejša in najbolj smrtonosna vrsta je P. falciparum, ki je odgovorna za več kot 90 % primerov malarije po vsem svetu.