Zgodovina encefalitisa sega v antične čase. Obstajajo opisi encefalitisu podobnih bolezni v spisih Hipokrata (460-377 pr. n. št.) in Galena (129-216 n. št.). Vendar pa je bil encefalitis šele v 19. stoletju priznan kot posebna klinična entiteta. Prvi večji izbruh encefalitisa se je zgodil v ZDA leta 1918, med pandemijo španske gripe. Ta izbruh je povzročil virus gripe in je povzročil smrt več kot 500.000 ljudi. V letih, ki so sledila, so po svetu poročali o drugih izbruhih encefalitisa in postalo je jasno, da lahko encefalitis povzročajo številni različni virusi, bakterije in drugi povzročitelji okužb.