AutoDock Atom Vrste

AutoDock jeizobraževalna platforma , ki uporablja znane atoma in vmesnik omrežja v kombinaciji z aplikacijami lepljenje napovedati zavezujočo stopnjo večino majhnih molekul . To omogoča študentom, da praktično študij molekulo, ki veže brez potrebe po dragih laboratorijskih čas in usposabljanje . Elementi

AutoDock podpira osnovne elemente : H , C , N , O , F , Mg , P , S , Cl , Ca , Mn , Fe , Zn , Br in I. Ti so parametrizirani v okviru programa tako, da se zaveda svoje fizične značilnosti , lastnosti in reakcije z drugimi elementi. Ti osnovni elementi se lahko uporabijo , da se tvori molekulo in testirali z obveznim uporabo ali topila . Na primer,študent navajajo dva molekul vodika na eno molekulo kisika , H2O in bi lahko test ta molekula vode pred njeno zavezujočo stopnjo .
Vezava

AutoDock podpira različne zavezujoče ali nabrežje kemikalije in elemente , bi moralime in ali nalepka nabrežje elementa vnesli v uporabniškem vmesniku poiskati in izbrati pravilno elementa. AutoDock zagotavlja sistem orodij, ki pomagajo pogled , spremljanje in pospešiti proces lepljenja . Ti vključujejo rentgensko kristalografijo ; ki temelji konstrukcij drog, svinca optimizacija, virtualni pregled ( HTS ), kombinatorne Design Library , protein-protein pristajanje in študij kemijske mehanizem . To omogoča, daštudent za delo z elementi in jih veže pod različnimi pogoji, tako da je mogoče doseči najboljši in najbolj natančne rezultate testov .
Grid Map

AutoDock v mreži ali Grid Map se uporablja za par in se ujemajo elemente z vezivi , da to stori , mora študent vnesti kemijsko ime elementa v enotni obliki črke poiščite v mreži. Elementi omrežja so že preučevali, preizkušen in njunem obrobju so že definirano . To omogoča, daštudent , da preprosto izberete atom in veziva , brez da bi morali vnesti podatke . AutoDock Grid Map zato omogočaštudent , da se naučijo o lastnostih in zunanje meje atoma , medtem ko testiranja zavezujočo stopnjo .
Dodajanjem elementov

Češtudent element ki še ni bila vpisana v sistem AutoDock je , lahko vnesete s pomočjo že obstoječe perimeter datoteko AutoDock je z natančnim podrobnejše informacije o atoma v vprašanju . To naj bi se nato dodal , da AutoDock in kalibrira ponovno kalibrira za točnost , preden se preskuša. Vendar pa je treba opozoriti, da dodajanje element zahteva poglobljeno znanje o tem, kako boelement in reagirajo v procesu lepljenja , kot tudi z drugimi atomi .