Benzalkonijev klorid je kvarterna amonijeva spojina, kar pomeni, da ima atom dušika s štirimi vezanimi alkilnimi skupinami. Je kationska površinsko aktivna snov, kar pomeni, da ima pozitiven naboj. Benzalkonijev klorid je šibka baza s pKa približno 12. To pomeni, da lahko odda proton močnejši bazi, ne more pa sprejeti protona iz šibkejše kisline.