Izvor malarije ni povsem jasen, vendar se domneva, da izvira iz podsaharske Afrike. Dokazi o parazitih malarije so bili najdeni v fosiliziranih komarjih iz miocenske dobe, pred približno 20 milijoni let. Ti fosili so bili odkriti v Dominikanski republiki in kažejo, da je bila malarija morda prisotna v Ameriki pred prihodom ljudi. Vendar natančen geografski izvor malarije ostaja negotov.