Encim, prisoten v želodcu, ki pomaga pri prebavi beljakovin, se imenuje pepsin. Pepsin se izloča v obliki pepsinogena, ki je neaktiven, nato pa se v kislem okolju želodca aktivira s klorovodikovo kislino. Pepsin najbolje deluje v kislih pogojih in razgrajuje beljakovine na manjše peptidne fragmente, ki jih pripravi za nadaljnjo prebavo z drugimi encimi v tankem črevesu.