Alergije niso razvrščene kot avtoimunske bolezni, ker ne vključujejo imunskega sistema, ki napada lastna tkiva telesa. Avtoimunske bolezni se pojavijo, ko imunski sistem zmotno prepozna zdrave celice kot tuje in jih napade. Alergije pa se pojavijo, ko se imunski sistem pretirano odzove na neškodljive snovi v okolju, kot so cvetni prah, prah ali nekatera živila. Čeprav lahko alergije povzročijo znatne simptome in nelagodje, ne vključujejo imunskega sistema, ki bi napadel lastna tkiva telesa, kar je značilnost avtoimunskih bolezni.