Pilonidalne ciste imajo visoko stopnjo ponovitve po kirurški odstranitvi, pri čemer so poročane stopnje ponovitve v medicinski literaturi zelo različne, vendar se na splošno gibljejo od 10 % do 30 %. Nekateri dejavniki, kot so nepopolna odstranitev celotnega trakta ali sinusa, globoka ali zapletena narava ciste, slabo celjenje ran, okužba, debelost ali prekomerna dlaka na prizadetem območju, lahko povečajo tveganje za ponovitev.