Pepsin je encim, ki ga proizvajajo glavne celice želodca in je aktiven v želodcu. Najbolje deluje v kislem okolju želodca, ki ima pH okoli 1,5 do 2,0. Pepsin razgrajuje beljakovine v manjše peptide in je še posebej učinkovit pri prebavljanju kolagena, beljakovine v vezivnem tkivu. Klorovodikova kislina, ki jo proizvajajo parietalne celice želodca, pomaga ustvariti kislo okolje, potrebno za učinkovito delovanje pepsina. Pepsin je neaktiven pri višjih pH vrednostih, kot so tiste v tankem črevesu, zato je njegova aktivnost omejena na želodec.