Posebne kemikalije, ki razgradijo hrano v tekočo obliko v želodcu, se imenujejo želodčni sokovi. Želodčne sokove proizvajajo žleze v želodčni sluznici in vsebujejo klorovodikovo kislino, pepsin in sluz. Klorovodikova kislina uniči bakterije in ustvari kislo okolje, ki aktivira pepsin. Pepsin je encim, ki razgrajuje beljakovine v manjše peptide. Sluz ščiti želodčno sluznico pred kislim okoljem.