Metronidazol se običajno ne uporablja za zdravljenje herpesa. Je antibiotik, ki deluje proti določenim vrstam bakterij in parazitov, vendar nima protivirusnega delovanja. Herpes povzroča virus, zato metronidazol ne bi bil učinkovito zdravljenje. Obstajajo protivirusna zdravila, ki so posebej zasnovana za zdravljenje herpesa.