HIV ne uniči možganskih celic, kar povzroča zmedo in izgubo spomina. Namesto tega lahko HIV okuži celice, ki podpirajo možganske celice, in tako posredno vpliva na možgane. V nekaterih primerih lahko HIV povzroči stanje, znano kot s HIV povezane nevrokognitivne motnje (HAND), ki lahko povzročijo vrsto kognitivnih težav, vključno z zmedenostjo, izgubo spomina, težavami pri razmišljanju in koncentraciji ter spremembami osebnosti in vedenja. Vendar HAND ne povzroča HIV, ki neposredno uničuje možganske celice.