Večina neželenih učinkov cepiva H1N1 je blagih, kot so bolečina, rdečina ali oteklina na mestu injiciranja, blaga vročina, glavoboli, bolečine v mišicah, utrujenost in slabost. Ti običajno trajajo nekaj dni. Resnejši neželeni učinki, kot je Guillain-Barréjev sindrom, so zelo redki.