Večina bakterij je koristnih. Pravzaprav je le približno 1 % vseh bakterij patogenih ali povzročiteljev bolezni. Velika večina bakterij je dejansko koristnih in igrajo pomembno vlogo v okolju in našem telesu. Bakterije na primer pomagajo razgraditi organske snovi, reciklirati hranila in proizvajati kisik. Pomagajo nam tudi pri prebavljanju hrane, boju proti okužbam in proizvajanju vitaminov. Anaerobne bakterije so tiste, ki za preživetje ne potrebujejo kisika. Nekatere anaerobne bakterije so koristne, na primer tiste, ki nam pomagajo pri prebavi hrane, druge pa so patogene, na primer tiste, ki povzročajo tetanus in botulizem.