Veliki požar v Londonu je dejansko negativno vplival na kugo. Ogenj je uničil veliko okuženih zgradb in pobil veliko okuženih ljudi, ustvaril pa je tudi idealne pogoje za širjenje kuge. Brezdomci, ki so preživeli požar, so bili prisiljeni živeti v prenatrpanih in nehigienskih razmerah, zaradi česar so bili bolj dovzetni za bolezen. Poleg tega je požar prekinil mestno infrastrukturo, kar je otežilo distribucijo hrane in vode ter nadzor nad širjenjem bolezni. Zaradi tega se je kuga v Londonu širila še nekaj mesecev po požaru.