Pretočna citometrija je tehnika, ki se uporablja za analizo fizikalnih lastnosti in kemične vsebine bioloških celic, ko te tečejo v eni datoteki skozi žarek svetlobe. Celice, ki se uporabljajo za pretočno citometrijo, so običajno obarvane s fluorescentnimi barvili ali protitelesi, ki se vežejo na specifične tarče znotraj celic. Ko obarvane celice tečejo skozi žarek svetlobe, oddajajo svetlobne signale, ki jih zazna in analizira pretočni citometer. Zaznani svetlobni signali se nato uporabijo za določitev velikosti, oblike, zrnatosti in drugih fizikalnih značilnosti celic ter prisotnosti in koncentracije specifičnih ciljnih molekul v celicah.
Pretočna citometrija je vsestranska tehnika, ki se med drugim uporablja na različnih področjih biologije, kot so imunologija, celična biologija in raziskave raka. Omogoča hitro, natančno in večparametrično analizo velikih celičnih populacij ter zagotavlja dragocene informacije o obnašanju in značilnostih celic.