Na to zapleteno vprašanje ni enega dokončnega odgovora, saj se relativna učinkovitost alternativne in alopatske medicine lahko razlikuje glede na posameznika, stanje, ki ga zdravimo, in vrsto drugih dejavnikov. Vendar pa je splošno sprejeto, da je alopatska medicina učinkovitejša pri zdravljenju akutnih stanj, kot so okužbe, poškodbe in operacije. Pri kroničnih boleznih lahko alternativna medicina ponudi bolj holističen pristop, ki lahko obravnava temeljni vzrok težave in spodbuja splošno dobro počutje. Poleg tega lahko nekatere alternativne terapije zagotovijo koristi, ki jih alopatska medicina ne opazi, na primer izboljšano sprostitev in zmanjšanje stresa. Navsezadnje lahko najboljši pristop k zdravljenju vključuje kombinacijo alopatskih in alternativnih terapij.