Redko je imeti pravo alergijo na ogljikove hidrate. Vendar pa lahko nekateri ljudje doživijo intoleranco za nekatere ogljikove hidrate, kot je laktoza (mlečni sladkor) ali fruktoza (sadni sladkor), kar lahko povzroči simptome, kot so plini, napihnjenost ali bolečine v trebuhu. Te se na splošno ne štejejo za prave alergije, temveč za prebavne težave.
Če sumite, da imate intoleranco za določeno vrsto ogljikovih hidratov, je pomembno, da se posvetujete z zdravstvenim delavcem, da ugotovite točen vzrok vaših simptomov in prejmete ustrezna prehranska priporočila.