Velikost človeških možganov se med posamezniki precej razlikuje, brez jasne razlike, ki bi temeljila zgolj na prisotnosti avtizma. Velikosti in strukture možganov se med ljudmi z avtizmom razlikujejo, vendar te razlike niso dosledne in jih je mogoče najti tudi v splošni populaciji. Na razvoj in velikost možganov vplivajo različni dejavniki, kot so genetika, okolje in individualne izkušnje, namesto da bi bili neposredno določeni z avtizmom.