Hišne muhe so lahko nosilke bolezni, kot so tifus, kolera, griža in tuberkuloza. Lahko povzročijo tudi miazo, stanje, v katerem ličinke muhe okužijo živa tkiva ljudi in živali. Moteče so lahko tudi hišne muhe, saj lahko onesnažijo hrano in pijačo ter lahko ugriznejo ljudi in živali.