Jaguarji imajo tako kot vsi sesalci številne mišice po telesu, ki omogočajo gibanje in različne telesne funkcije. Čeprav se natančno število mišic pri jaguarju lahko razlikuje glede na metode anatomske klasifikacije, splošna ocena kaže, da je v telesu jaguarja približno 639 skeletnih mišic. Te mišice so odgovorne za vrsto gibov, vključno s hojo, tekom, plezanjem, lovom in družbenim vedenjem, kot sta dvorjenje in teritorialno razkazovanje.