Difuzija v dihalnem sistemu poteka v alveolih. Alveoli so drobne, vrečkam podobne strukture, ki obdajajo pljuča. Pokrite so s kapilarami, ki so drobne krvne žilice. Kisik, ki ga vdihavamo, difundira skozi alveole in v kapilare. Ogljikov dioksid, ki ga izdihnemo, difundira iz kapilar v alveole.