Tekočina, ki jo najdemo v cistah ščitnice, je običajno bistra ali slamnato obarvana tekočina, ki je lahko redka in vodena ali debelejša in bolj viskozna. Včasih ima lahko rjavkast ali rdečkast odtenek zaradi prisotnosti krvi ali hemosiderina (produkt razgradnje hemoglobina). Tekočina lahko vsebuje tudi beljakovine, holesterol in druge celične komponente. V nekaterih primerih je lahko tekočina ciste motna ali motna zaradi prisotnosti vnetnih celic ali ostankov.