Da, nekatere vrste bolezni ščitnice, kot sta Hashimotov tiroiditis in Gravesova bolezen, so avtoimunske bolezni. Avtoimunske bolezni se pojavijo, ko imunski sistem telesa pomotoma napade lastna tkiva. Pri teh boleznih ščitnice imunski sistem napade ščitnico, kar lahko povzroči vnetje in motnje normalnega delovanja ščitnice. Posledično lahko ščitnica proizvede preveč ali premalo ščitničnega hormona, kar povzroči različne simptome ščitnice.