Možganski abscesi so običajno posledica širjenja bakterij ali drugih mikroorganizmov iz drugega dela telesa, kot so sinusi ali ušesa, v možgane. Bolezen dlesni (parodontalna bolezen) običajno ni vzrok za možganske abscese. Vendar pa lahko huda bolezen dlesni povzroči druge zdravstvene težave, kot so bolezni srca in ožilja in možganska kap, kar lahko poveča tveganje za nastanek možganskega abscesa.