Cistoskopija običajno traja od 5 do 20 minut. Vendar pa se natančno trajanje postopka lahko razlikuje glede na dejavnike, kot so zapletenost primera, osnovne bolezni posameznika in vrsta uporabljenega cistoskopa. Poleg tega, če se med cistoskopijo izvajajo kakršne koli biopsije ali druga zdravljenja, lahko to podaljša celoten čas postopka. Vaš zdravnik vam bo lahko dal natančnejše informacije o pričakovanem trajanju vaše cistoskopije.