Rak želodca se lahko začne v katerem koli delu želodca, vendar se najpogosteje začne v želodčni sluznici. Želodčna sluznica je sestavljena iz več plasti celic, vključno s plastjo sluznice, submukozno plastjo in mišično plastjo. Rak želodca se lahko začne v kateri koli od teh plasti, vendar se najpogosteje začne v sluznici.