Encim, ki ga proizvaja želodec, se imenuje pepsin. Pepsin je encim proteaza, ki razgrajuje beljakovine v manjše peptide. Izločajo ga glavne celice želodčnih žlez v želodcu. Pepsin je aktiven v kislem okolju želodca, z optimalnim pH okoli 1,5 do 2,0. Deluje skupaj z drugimi encimi, kot sta klorovodikova kislina in sluz, da prebavi hrano in jo pripravi za absorpcijo v tankem črevesu.