Kemična prebava, razgradnja hrane z encimi, se začne v ustni votlini z delovanjem slinske amilaze na škrob. Ko hrana doseže želodec, se sreča z želodčnim sokom, ki vsebuje klorovodikovo kislino in encim pepsin. Klorovodikova kislina ustvari kislo okolje, ki ubije mikroorganizme in denaturira beljakovine, zaradi česar so bolj dovzetni za encimsko razgradnjo. Pepsin, asparaginska proteaza, sproži prebavo beljakovin z razgradnjo beljakovin v manjše peptide.