Eden od dolgoročnih učinkov, povezanih z nižjimi ravnmi estrogena, je povečano tveganje za razvoj osteoporoze, stanja, ki oslabi kosti in poveča verjetnost zloma. Znano je, da estrogen pomaga ohranjati gostoto in moč kosti. Ker se raven estrogena med menopavzo zmanjša, lahko ženske občutijo izgubo kostne mase, kar povzroči povečano tveganje za zlome in izgubo kosti.