Čeprav se računalniška tomografija možganov ne uporablja rutinsko pri diagnozi migren, je lahko v pomoč pri izključitvi drugih možnih vzrokov glavobolov, kot so 腦中風, krvavitev, tumorji ali druge strukturne nepravilnosti. V določenih situacijah se lahko naroči CT možganov, če so simptomi migrene resni ali atipični, če obstajajo novi ali progresivni nevrološki simptomi ali če obstaja zaskrbljenost glede morebitnih osnovnih strukturnih nepravilnosti. Poleg tega je lahko računalniška tomografija možganov koristna pri ocenjevanju zapletov migrene, kot je cerebralna venska tromboza ali sindrom posteriorne reverzibilne encefalopatije (PRES).