Obstajajo trije pogosti vzroki hipotiroidizma. Hashimotov tiroiditis je kronično avtoimunsko stanje, pri katerem imunski sistem telesa pomotoma napade lastno ščitnico. Gravesova bolezen je še ena avtoimunska bolezen, ki povzroča vnetje ščitnice in lahko včasih po zdravljenju ali spontano preide v hipotiroidizem. Poporodni tiroiditis je zadnji, pojavi se nekaj mesecev pred porodom ali po njem, in čeprav običajno izzveni sam od sebe v nekaj mesecih ali letih, včasih napreduje v trajni hipotiroidizem, ki zahteva vseživljenjsko zdravljenje.