Bariatrična kirurgija običajno ne velja za možnost zdravljenja bolnikov s Crohnovo boleznijo. Glavni cilji pri obvladovanju Crohnove bolezni so sprožiti in vzdrževati remisijo, preprečiti ali zdraviti zaplete, zmanjšati kirurški poseg in izboljšati kakovost življenja. Bariatrična kirurgija je primarno indicirana za zdravljenje hude debelosti in ne Crohnove bolezni.