Kolonoskopija ne bi smela neposredno odložiti menstruacije, saj gre za poseg na debelem črevesu in ne vpliva na menstrualni ciklus. Vendar lahko dejavniki, povezani s postopkom, kot so stres ali spremembe dnevne rutine, posredno vplivajo na čas menstruacije. Če po kolonoskopiji občutite znatno spremembo menstruacije, je priporočljivo, da se posvetujete z zdravnikom, da ugotovite vzrok.