Prebavni mehurček, ki ni povezan z drugimi endomembranskimi strukturami, se imenuje lizosom. Lizosomi so majhni organeli, ki jih najdemo v citoplazmi živalskih celic. So membransko vezani vezikli, ki vsebujejo hidrolitične encime, ki lahko razgradijo različne biomolekule, vključno z beljakovinami, ogljikovimi hidrati, lipidi in nukleinskimi kislinami. Lizosomi delujejo pri znotrajcelični prebavi, odstranjevanju odpadkov in recikliranju celičnih komponent. Imajo ključno vlogo pri vzdrževanju celične homeostaze in odstranjevanju poškodovanih ali nepotrebnih celičnih materialov. Za razliko od drugih endomembranskih struktur, ki sodelujejo pri sintezi, modifikaciji in transportu molekul, so lizosomi specializirani za znotrajcelično prebavo in recikliranje.