Želodčni sok vsebuje encim proteazo, znan kot pepsin, ki je odgovoren za prebavo beljakovin v želodcu. Pepsin je najbolj aktiven v kislem okolju želodca, z optimalnim pH okoli 1,5 do 2,5. Beljakovine razgradi na manjše peptidne fragmente in tako sproži proces prebave beljakovin.