Končni produkt prebave beljakovin so aminokisline. Beljakovine so velike molekule, sestavljene iz verig aminokislin. Med prebavo te beljakovine razgradijo na vse manjše in manjše peptide z encimi, kot so pepsin, tripsin in kimotripsin. Te peptide nato nadalje razgradijo na posamezne aminokisline z encimi, kot so karboksipeptidaze in aminopeptidaze. Te aminokisline se nato absorbirajo v krvni obtok in jih je mogoče uporabiti za sintezo novih beljakovin ali drugih molekul ali pa jih je mogoče nadalje razgraditi za proizvodnjo energije.