Encim, prisoten v želodčnem soku, ki prebavlja beljakovine, je pepsin. Pepsin je encim proteaza, ki ga izločajo glavne celice želodčnih žlez v želodcu. Aktiven je v kislem okolju želodca in razgrajuje beljakovine v manjše peptide. Pepsin je še posebej pomemben za prebavo mesa in drugih živalskih proizvodov. Deluje v povezavi z drugimi encimi, kot je klorovodikova kislina, da razgradi kompleksne beljakovine v manjše molekule, ki jih telo lažje absorbira.