Encim, ki dokonča prebavo beljakovin, je peptidaza. Peptidaze so razred encimov, ki razgrajujejo beljakovine v manjše peptide in končno v posamezne aminokisline. Delujejo tako, da hidrolizirajo peptidne vezi, ki povezujejo aminokisline v beljakovinsko verigo. Peptidaze najdemo v prebavnem sistemu živali in rastlin in so vključene tudi v vrsto drugih bioloških procesov, kot sta strjevanje krvi in imunski odziv.