Glavna prebavna funkcija v želodcu je prebava beljakovin. Želodec je mišični organ, ki izloča želodčni sok, ki vsebuje klorovodikovo kislino in encim pepsin. Klorovodikova kislina ustvari kislo okolje v želodcu, ki ubije bakterije in denaturira beljakovine, zaradi česar so bolj dovzetne za prebavo s pepsinom. Pepsin je proteaza, ki razgrajuje beljakovine v manjše peptide in tako sproži proces prebave beljakovin.