Pepsin, ki vstopi v tanko črevo, se inaktivira z alkalnim pH tankega črevesa. Pepsin je kisla proteaza, ki optimalno deluje v kislem okolju želodca. Ko pride v tanko črevo, ki ima pH okoli 8, izgubi svojo aktivnost in ni več sposoben razgraditi beljakovin. Trebušna slinavka izloča tudi bikarbonatne ione v tanko črevo, kar dodatno pomaga nevtralizirati kisli himus in ustvarja okolje, ki je primernejše za druge prebavne encime, kot so proteaze in lipaze trebušne slinavke.