Escherichia coli (E. coli) lahko uvrščamo med fakultativne anaerobe. To pomeni, da čeprav lahko E. coli preživi v prisotnosti kisika (aerobni pogoji), lahko preživi tudi v odsotnosti kisika (anaerobni pogoji). V aerobnih pogojih E. coli izvaja celično dihanje, proces, ki uporablja kisik za razgradnjo organskih spojin in ustvarjanje energije. Kadar kisika ni, lahko E. coli preklopi na fermentacijo, proces, ki razgrajuje organske spojine brez uporabe kisika in pri tem ustvarja energijo v obliki ATP. Kot fakultativni anaerob se lahko E. coli prilagaja različnim okoljem in uporablja najučinkovitejšo razpoložljivo pot za proizvodnjo energije.